微波杀菌机对食品杀菌的特点及优势具体表现在以下几个方面：
1、微波杀菌设备能有效保持营养成份
微波有热效应的快速升温和非热效应的双重杀菌作用，相比常规热力干燥、杀菌能在比较低的温度和较短的时间就能获得所需的干燥、杀菌效果。一般杀菌温度在65—70。C，75—80。C或103—121。C里，时间在3—8分钟，且能保留更多的食品营养成分和色、香、味、形等风味。
2、微波杀菌时间短、速度快
常规热力干燥杀菌是通过热传导，对流或辐射等方式将热量从物体表面传至内部。往往需要较长时间，物体内部才能达到所需的干燥度和杀菌温度。介质由极性分子和非极性分子组成，电磁场作用下，这些极性分子从原来的随机分布状态转向依照电场的极性排列取向。而在高频电磁场作用下，这些取向按交变电磁的频率不断变化，这一过程造成分子的运动和相互摩擦从而产生热量。此时交变电场的场能转化为介质内的热能，使介质温度不断升高，故微波加热是介质材料自身损耗电场能量而发热。所以微波加热处理时间大大缩短，在一定功率密度强度下，一般只要数十秒、几分钟即能达到满意效果。
3、微波杀菌机对食品杀菌均匀、彻底
常规热力干燥、杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至物料内部。物料内外温度存在温差，内外干燥、杀菌效果一致性差。为了保持风味，缩短处理时间，往往内部达不到足够温度而影响干燥、杀菌效果。采用提高处理温度可有所改善这一现象，然而这使物品表面的色、香、味、形等品质下降。微波具有穿透性能，表面和内部同时作用，能保证内、外部温度一同达到要求值，所以干燥、杀菌均匀、彻底。
4、改善劳动条件、节省占地面积
微波设备无高温、无奈热、本身不发热，无热辐射。可大大改善劳动条件，而且设备结构紧凑、节省厂房面积
5、便于控制、易实现自动化生产
微波食品干燥、杀菌处理设备操作简单，便于控制，没有热惯性，能根据不同食品工艺规范要求进行处理，减少生产操作人员